As unidades orgânicas internas da EPG são as seguintes::

Departamento de Assuntos Académicos (DAA)

O Departamento de Assuntos Académicos (DAA) é a unidade interna da EPG responsável pelo seguimento, verificação, controlo e monitoria do funcionamento e eficácia dos processos pedagógicos e pela verificação da qualidade académica e regularidade dos cursos de Pós-graduação.

Departamento de Serviços Estudantís e Internacionalização (DSEI)

O Departamento de Serviços Estudantis e Internacionalização (DSEI) é a unidade interna de cariz técnico-social da EPG responsável pela integração, apoio, orientação, aperfeiçoamento de habilidades, mobilidade, ligação com antigos estudantes da Pós-graduação, atracção de estudantes talentosos e bem assim com matérias de internacionalização da Pós-graduação.

Departamento de Administração e Finanças (DAF)

O Departamento de Administração e Finanças é a unidade orgânica interna da EPG responsável pela gestão administrativa, pessoal, patrimonial e financeira na EPG.